Harry Cohen Tanugi

L'IA conceptrice de protéines pourrait découvrir de nouveaux remèdes et matériaux inconnus de la science

"Ils ont évolué au cours de l'évolution pour résoudre les problèmes auxquels les organismes ont été confrontés au cours de l'évolution. Mais nous sommes confrontés à de nouveaux problèmes aujourd'hui, comme le covid. Si nous pouvions concevoir des protéines aussi efficaces pour résoudre les nouveaux problèmes que celles qui ont évolué au cours de l'évolution pour résoudre les anciens problèmes, ce serait vraiment, vraiment puissant", a ajouté Baker, qui est également co-auteur de l'article.

ProteinMPNN aidera les chercheurs qui ont en tête la structure d'une protéine à trouver la séquence d'acides aminés qui en constitue la forme exacte. Pour ce faire, il utilise un réseau neuronal entraîné sur un très grand nombre d'exemples de séquences d'acides aminés.

L'IA qui conçoit des protéines pourrait découvrir de nouveaux remèdes et matériaux inconnus de la science

Le nouvel outil d'IA peut concevoir des protéines.

Cependant, pour s'assurer que les chercheurs conçoivent des protéines utiles pour des applications dans le monde réel, ils doivent d'abord établir quel squelette de protéine aurait la fonction qu'ils cherchent à activer.

Pour y parvenir, ils utilisent deux méthodes appelées "hallucination contrainte", qui permet aux utilisateurs d'effectuer une recherche aléatoire parmi toutes les séquences protéiques possibles, et "hallucination", qui leur permet d'explorer l'espace de toutes les structures protéiques possibles.

Ces deux procédés permettent aux chercheurs d'aller au-delà de la protéines que l'on trouve simplement dans la nature et d'en créer de toutes nouvelles. "La nature n'a échantillonné ... qu'une infime partie. Donc si vous limitez la recherche aux séquences qui existent dans la nature, vous n'arriverez à rien", a déclaré Baker.

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